Trasmiera aparece citada ya en la crónica de Alfonso III del siglo IX, y vinculada al condado de Castilla en el siglo siguiente. A partir del siglo XIII se estableció por orden real esta demarcación como entidad administrativa. El rey estaba representado por un merino que en un principio fue una persona de la familia de los Lara. Pasados los años los administradores o merinos fueron elegidos de entre las familias autóctonas del lugar.
Regida por sus concejos (más o menos los actuales pueblos)de hombres de behetría, lograría en el siglo XIV liberarse del impuesto de la alcabala (un 5% del valor de las cosas enajenadas, posteriormente elevado al 10%, impuesto permanente y de libre disposición del rey, lo que le permitió usarlo como parte de su patrimonio). Los Reyes Católicos ayudaron a la consolidación de su estructura interna en Juntas; Cudeyo, Ribamontán, Siete Villas, Cesto y Voto, a las que se agregaron, mediante carta de hermandad, las villas de Santoña y Escalante, así como el lugar de Argoños, en 1579. Cada junta construyó su casa de audiencia y tenía su cárcel. Las juntas generales de Merindad se celebraban en Hoz de Anero, siendo esta la capital de la merindad.
Hasta la conformación de los ayuntamientos constitucionales, en 1834, gozó de considerables franquicias fiscales, un alto grado de autogobierno y exenciones militares en aras de la autodefensa (Trasmiera se guarda a sí misma). La unidad geográfica y administrativa le ha permitido la conservación de muchas de sus costumbres tradicionales.
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